从岛原开始进攻九州岛，日本的天主教徒是可以利用和相互合作的，九州岛西部和北部是比较容易渗透和颠覆的对象。-这两地的天主教本来就很多，德川幕府和此时的大名与天主教关系不是说很好，而是很差。
只要打着宗教平等的名号，可以获得支持，等大名反应过来的时候，他们已经后院起火了，问题是这就要与日本主流社会决裂，这是一把双刃剑，还是要仔细考量一番才能做决定。
令卞为鸾没有想到的是一个少年第二天就来上‘门’拜访，此人自称武士益田好次的儿子益田时贞，年方18岁，愿意协助西海将军，条件是要求获得信教自由和平等。
其实益田时贞是九年之后日本天主教徒的大起义的领袖，只是卞为鸾一点也不知道而已。
天主教初到日本是在1549年，登陆地点是鹿儿岛，随着葡萄牙人和西班牙人先后到达日本，天主教在日本迅速传播，皈依天主教的日本人数直线上升，九州一带信教的人最多，总共达十几万人，大批日本人改信天主教，引起了德川幕府和各大名的恐慌，担心会影响日本的国教神道教和主流宗教佛教，之所以北九州一带教会大行其道，主要原因有，如地处偏远，中央不易控制；此地土地贫瘠，收获不丰，而租税繁重高达五成，幕府和大名的镇压手段过于残酷等因素。
丰臣秀吉发布禁教令并没有得到严格的执行，各日本大名继续允许天主教的传播，北九州地区出现了很多天主教徒的大名，比较有名的是‘肥’后国的小西行长、岛原地区的大名有马晴信、‘肥’前唐津藩的寺泽广高。
传教士暗中得到了岛原半岛大名有马晴信的庇护，天主教信仰成为战国‘混’‘乱’时代北九州老百姓的‘精’神支柱，教士为人免费治病，救活了很多快要死之人，北九州老百姓都认为是上帝救了这些将死的病人。
有马晴信答应传教士，破坏本地的神社和佛教寺庙，让人民改信天主教，天主教徒烧毁了当地的佛像和佛经，传教士向有马晴信提供硝石和铅。
后来德川家康在关原之战获胜后掌握了日本的实权，1612年，德川家康以判‘乱’罪处死了有马晴信，而有马晴信之子有马直纯从小在德川家康身边长大，又娶了家德川康曾孙‘女’为妻。1613年，德川家康发布禁教令，在全国禁止天主教，外国传教士被驱逐出境。
受宠若惊和感‘激’涕零的有马直纯马上退教，发誓要将天主教徒斩草除根，回到岛原之后有马直纯大开杀戒，将不愿弃教者活活烧死，并叫其他教徒现场观看。
可结果不怕死的教徒反而更增加了勇气。幕府看有马直纯治不了教徒，便把他调到日向，但他的很多部下不愿离开故乡，宁可落魄为‘浪’人、百姓，这部分人后来反倒成了义军的力量。
接替有马直纯来岛原当大名的是丰后守松仓重政，此人是个筑城名人，到此地当然不满意日野江城，于是大兴土木要钱要工。
这样，岛原人民受的是双重苦难，信教不准，还要无休止地出钱出工。不仅如此，租税也极其苛刻，收成好时上缴一半，收成不好之时收获的东西要全部上缴。松仓重政死后，其子松仓胜家继任藩主，他更为残暴。
正当人们已经没有任何生机的时候，一个传说在岛原、天草不胫而走。原来1614年一个神父在被迫离开日本时曾预言：25年后当出现一位天童，是上帝再世，‘精’通教义，谙魔法，他一定会拯救你们。
天草四郎是天草岛上的基督教徒益田甚兵卫的儿子，自小聪颖过人，有神童之称，且外表俊秀。令人吃惊的是，他非常‘精’通基督教的教义。人们认为他就是上帝的使者。
1637年10月23日，苦难中的人们成千上万地聚集在天草四郎的周围，形成了一股强大的力量。10月25日，他们开始起义，发动了暴动。大部分村民重新回归天主教，他们立天草四郎为基督教大将，期待葡萄牙援军到达。
1月17日，起义军偷袭并攻克了岛原半岛南端的原城，杀死了恶贯满盈的松仓家家老、原城城主小岛五兵卫，在城头竖起了十字架和万物为一体尊卑无区别的大旗。广大天主教徒和贫苦农民甚至下级武士纷纷来投。
起义军是农民，而且其中有三分之二是‘妇’‘女’、小孩和老人，北九州地区是天主教传播的中心区域，战国后期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，这些人在大殉教后都被迫潜伏了下来，趁着这次动‘乱’再度抬头。
参加起义的岛原、天草农民共三万七千余人，其中有战斗力的为一万三千余人。天主教起义者写信给罗马天主教廷梵蒂冈，请求支援。
起义者拼死守城，等待援军的到来，外国天主教援军是支持岛原天主教徒战斗下去的动力，罗马天主教廷派出了一些徒手的传教士，但是他们无法在已经闭关锁国的日本登陆，期待中的葡萄牙援军没有来。
1637年12月，幕府接到岛原天草农民起义的消息，急派板仓重昌赴九州镇压起义军。板仓重昌一开始并没有把义军放在眼里，认为那些作‘乱’的农民根本不懂打仗，如何会是幕府军的对手？然而1638年元旦，板仓重昌对原城的起义军又发动了突击进攻，幕府军队大败，板仓重昌战死。
此后，松平信纲改变战术，围而不攻，指使下荷兰炮船炮击原城半个月，从心理上瓦解了城内的起义军的斗志，27日，幕府军开始总攻，28日，原城被攻破，幕府军屠杀了所有的幸存者，37000名教徒全部被杀。
农民利用信仰的力量有组织、大规模地反抗幕府封建政权，而且是在一个少年的统帅下，这可谓农民起义史上的奇迹。
战后，岛原天草两郡几乎成了无人区，幕府只好叫很多赞岐的农民迁到这里，幕府认为岛原之‘乱’是天主教徒造反，决定彻底禁教。